Este error aparece normalmente cuando cerramos incorrectamente el IDE Flash Builder, por ejemplo, cancelando el proceso desde el Administrador de Tareas de Windows o al producirse algún tipo de error. Hay varios métodos para solucionarlo, en mi caso con la versión 4.6 en una ocasión me funcionó la 1ª y en otra la 2ª:
1. Borrar el fichero .lock ubicado en el directorio .Metadata del workspace de Flash Builder 4.6. Es posible que no os deje borrarlo porque estará siendo utilizado por el proceso de FB, por lo que previamente tenéis que cancelar el proceso y luego podréis borrarlo.
Workspace\.metadata\.lock2. Borrar el fichero .snap ubicado en:
Workspace\ .metadata\.plugins\org.eclipse.core.resources\.snap3. Editar el fichero de configuración de preferencias de Flash Builder 4.6 y donde pone RECENT WORKSPACE borramos el que nos está dando error.
UsuarioX/Documents/Adobe Flash Builder 4.5/cascaded/308971/configuration/.settings/org.eclipse.ui.ide.prefs